管理のコツはズバリ『30~60%の充電状態で保管』です。

TREK BoschのeBike,バッテリーであれば、電池残量のインジケーターが付いていますので、常に５段階中の２もしくは３で管理していただけると1番劣化しづらくなります。
電池を常に100%充電にしておりたり、0%まで使い切ってしまうより３０〜６０％に常になっている状態が劣化しづらいとのことです。

その他、なるべく低負荷状態での使用の方がバッテリーには負荷が少ないので、平地や下りではアシストを切ったり適材適所でアシストを使うとより良く、保管環境の気温も0~20℃が適温ということなので、夏場などはバッテリーを室内の涼しいところで保管してあげると良いみたいですね。

Boschのホームページからもいくつか参考になりそうな画像を下にご紹介します。
より詳しいバッテリーガイドをダウンロードできるページはこちらです。